No, nada que ver con “(las) llamadas variantes” ni con la retórica. “To call”, “identificar/designar” en este contexto, es un verbo relacionado con el conocido como formato VCF (Variant Call/Calling Format), el formato más empleado para almacenar la información de variantes genéticas, y con la expresión “variant calling”, “identificación de variantes”.

Referencias:

https://www.b-kl.eu/variant-calling/
Variant Calling
¿Qué es el Variant Calling?
Se define como el proceso mediante el cual se identifican variantes a partir de datos de secuenciación. El proceso que se lleva a cabo groso modo de la siguiente forma:
Obtener datos en formatos FASTQ de los datos de secuenciación de genoma o exoma completo.
Alineamiento de las secuencias a un genoma de referencia por medio de archivos formato BAM o CRAM.
Identificar donde las lecturas alineadas se diferencian del genoma de referencia y guardar el resultado en un archivo formato VCF.
Las variantes se representan en el llamado formato VCF (Variant Call Format). La obtención de este archivo suele obtenerse por el uso de un “variant caller” también conocida como “SNP caller” a partir de uno o más archivos de alineamiento BAM o CRAM. En la imagen inferior se muestra un archivo CRAM típico obtenido al alinear las lecturas a un genoma de referencia.

https://www.europeanreview.org/wp/wp-content/uploads/6753-67...
VARIANT CALLING
Figure 3. Scheme of the second part of the NGS data processing pipeline. A, First we perform variant calling using Samtools mpileup call and GATK UnifiedGenotyper. The calling is only focused on target regions and not on the entire genome. To filter called variants, we design a BED file containing the coordinates of target regions. Prior to variant calling the BAM file is filtered with the BED file so as only to report findings in regions of interest. B, The called variants are then annotated by VEP. Since a variant can overlap multiple transcripts, it may end up with multiple annotations. This is why we use the APPRIS database to determine the principal transcript and we filter all annotations that do not belong to the principal transcript.

https://www.tremedica.org/wp-content/uploads/n24_tradyterm-s...
Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular
(…)
call, to (a base, a trace, a peak): designar o identificar (leer) un nucleótido; interpretar o descifrar (leer) un cromato grama o un máximo del cromatograma. Observación: en relación con los cromatogramas de secuenciación, el verbo to call se utiliza al menos con dos sentidos distintos: a) designar o identificar el nucleótido correspondiente a un máximo del cromato grama (to call a base) y b) interpretar o descifrar un máximo del cromatograma o el cromatograma de secuenciación (to call a peak, to call a trace). Esto mismo se expresa a veces con el verbo to read (leer). Veamos algunos ejemplos: